Um arquivo binário é um arquivo cujo conteúdo deve ser interpretado por um programa ou um processador de hardware que entende com antecedência exatamente como ele é formatado. Ou seja, o arquivo não está em nenhum formato identificável externamente, de modo que qualquer programa que quisesse procurar por certos dados em um determinado lugar dentro do arquivo. Um programa (ou processador de hardware) tem que saber exatamente como os dados dentro do arquivo são dispostos para fazer uso do arquivo.
Em geral, programas executáveis (prontos para execução) são freqüentemente identificados como arquivos binários e recebem uma extensão de nome de arquivo ".bin". Programadores frequentemente falam de um programa executável como um "binário" e pedem a outro programador para "me enviar os binários". (Um sinónimo para este uso é código objecto .) Um ficheiro binário também pode conter dados prontos a serem utilizados por um program.
Em termos de transmissão de ficheiros de um local para outro, um ficheiro pode ser transmitido como "binário", o que significa que os programas que o manipulam não tentam olhar para dentro dele ou alterá-lo, mas apenas passá-lo como um "pedaço de 0s e 1s", cujo significado é desconhecido para qualquer dispositivo de rede.